La chiesa di San Giovanni si trova nel territorio di Borgo Soave, uno dei nuclei fondanti del comune di Villafranca. Le prime notizie che attestano l’esistenza della chiesa risalgono alla fine del XIII secolo. Nulla rimane di questa fase costruttiva, riplasmata nel Cinquecento a causa delle condizioni di degrado.
Di particolare interesse sono gli affreschi che decorano l’interno dell’edificio: la parete di fondo del presbiterio è dedicata al tema mariano. Nella lunetta in alto è dipinta un’Annunciazione; nel registro sottostante un’Adorazione dei Magi, due angioletti che forse incorniciavano un Annuncio ai pastori, una Natività ambientata sotto una rustica capanna dal tetto sfondato, san Francesco. La scena dei Magi consente di scorgere alcuni dettagli curiosi: Melchiorre, il Re in piedi al centro, assume le sembianze di un regnate del Cinquecento. Vestito di rosso e con un mantello blu su cui sono ricamati dei gigli, è accostabile nei tratti a Francesco I di Francia che, a quell’epoca, governava una parte del Piemonte.
All’estrema sinistra è dipinto un uomo intento a leggere una lettera. Sul retro del documento, a sostituzione dell’indirizzo, era forse riportata la firma dell’artista. Ad oggi è possibile riconoscere la scritta “JAL”. E’ la sigla con la quale Jacopino Longo era solito firmare le sue opere. Il suo intervento si data qui intorno al 1540.
Le pareti laterali ospitano vari riquadri affrescati. Sono di particolare bellezza il Cristo di Pietà, la Madonna in trono col Bambino.
La maggior parte dei dipinti oggi ancora visibili nella chiesa di San Giovanni sono riferibili alla mano del pittore Jacopino Longo, attivo in Piemonte nella prima metà del Cinquecento.